Bueno ya he conseguido la solución, como no he visto movimiento e imagino que a alguien más le hará falta en algún momento os pongo cómo lo he resuelto:

Exportamos los datos a csv con la misma estructura de tabla user que la que tenemos con la contraseña sin encriptar y sin cabeceras para que no nos cree otro usuario con esa linea.

Entramos en PHPMYADMIN que en mi caso es quien gestiona mi base de datos mysql y localizamos la tabla users, hacemos clic dentro y pinchamos en importar, localizamos y subimos el CSV.

Una vez lo hemos subido comprobamos que haya subido correctamente introducimos una secuencia de sql mediante el gestor que nos trae de sql para actualizar las contraseñas y encriptarlas correctamente para que joomla nos permita el uso de las mismas.

UPDATE `xxx_users`
SET `password`= MD5(`password`)
where user != (`admin`)

el where no estoy muy segura porque he actualizado todos y luego he actualizado a mano la contraseña de administrador.

y luego solo validarse en joomla como admin y si no les has puesto el grupo al que pertenecen que suele ser register pues habilitarlo por lotes y listo!!

Espero haber ayudado también a alguien ya que no creo que sea la única en este problema.
Gracias a los que me habeis orientado y un saludo

Por Leninia